удар находит переменную использования

Вот решение, использующее просто awk. Поместите ниже кода в названном файле ex.awk:

BEGIN{}
FNR==NR{
    k=$1" "$2
    a[k]=$4" "$5
    b[k]=$0
    c[k]=$4
    d[k]=$5
    next
}

{ k=$1" "$2
  lc=c[k]
  ld=d[k]
  # file1 file2
  if ((k in a) && ($4==$5) && (lc==$4) || (ld==$5)) print b[k]" "$0
}

И затем выполненный это как это с вышеупомянутыми 2 файлами:

$ awk -f ex.awk file1 file2

Пример

sed должен только отформатировать вывод для StackExchange!

$ awk -f ex.awk file1 file2 | sed 's/[ ]\+/  /g'
s2/90  60  .  C  G  30  N=2  F=5;U=4  s2/90  60  .  G  G  97  N=2  F=5;U=4
s2/80  20  .  A  T  86  N=2  F=5;U=4  s2/80  20  .  A  A  20  N=2  F=5;U=4
s2/20  10  .  G  T  90  N=2  F=5;U=4  s2/20  10  .  G  G  99  N=2  F=5;U=4

Изменение в требованиях

OP упомянул в комментариях, ниже которых он хотел бы, чтобы окончательное решение отбросило любые строки где 4-е и 5-е столбцы от file1 подобранный 4-е и 5-е столбцы от file2.

Например, добавьте эту строку к обоим file1 & file2:

s2/40   40      .       S       S       90      N=2     F=5;U=4

Однострочное дополнение к исходному решению может обратиться к этому конкретному изменению в требованиях.

if ((k in a) && (lc==$4) && (ld==$5)) next

Новый пример

ex2.awk:

BEGIN{}
FNR==NR{
  k=$1" "$2
  a[k]=$4" "$5
  b[k]=$0
  c[k]=$4
  d[k]=$5
  next
}

{ k=$1" "$2
  lc=c[k]
  ld=d[k]
  if ((k in a) && (lc==$4) && (ld==$5)) next
  if ((k in a) && ($4==$5) && (lc==$4) || (ld==$5)) print b[k]" "$0
}

Повторное выполнение нового awk сценарий, ex2.awk:

$ awk -f ex2.awk file1 file2 | sed 's/[ ]\+/  /g'
s2/90  60  .  C  G  30  N=2  F=5;U=4  s2/90  60  .  G  G  97  N=2  F=5;U=4
s2/80  20  .  A  T  86  N=2  F=5;U=4  s2/80  20  .  A  A  20  N=2  F=5;U=4
s2/20  10  .  G  T  90  N=2  F=5;U=4  s2/20  10  .  G  G  99  N=2  F=5;U=4