Ищут все сообщения содержащий sring только в тех файлах, который упоминается в текстовом файле

Я не знаю ни о каких инструментах, которые делают это, однако необходимо смочь сделать большую часть из него с существующими утилитами. В зависимости от того, как синхронизировавший Вы хотят, чтобы псевдонимы были Вами, мог получить список в .bashrc или до каждой командной строки с PROMPT_COMMAND:

ALIAS_FILE='~/.aliases'
PROMPT_COMMAND=". $ALIAS_FILE"

aliasutil добавляют "gcm" "ведущее устройство контроля мерзавца"

echo 'alias gcm="git checkout master"' >> $ALIAS_FILE

aliasutil добавляют "gfp, %1" "нажатие мерзавца - вызывают %1"

Вы предназначаете %1 как аргумент? Псевдонимы не поддерживают аргументы, так для достижения этого необходимо создать функцию.

список aliasutil

cat $ALIAS_FILE

aliasutil удаляют "gcm"

sed -i '/^alias gcm=/d'
unalias gcm