как объединить различные файлы, которые имеют тот же заголовок, но немного отличающееся имя файла?

Я думаю, что Вы просите что данный файлы:

fluxes_2000_10_10   fluxes_2001_10_10    fluxes_2003_10_10

и

fluxes_2000_20_10   fluxes_2001_20_10    fluxes_2003_20_10

Вы создаете "общий" файл для каждого из вышеупомянутых файлов в широте 10_10 и затем 20_10 и т.д.

В этом случае:

bash$ for lat in $(ls -1 fluxes_* | sed 's/fluxes_[0-9]*_\([0-9]*_[0-9]*\)/\1/' |sort|uniq )
do 
    echo "processing $lat ..." 
    cat fluxes_[0-9]*_${lat} > fluxes_TOT_${lat} 
done 

ls -1 fluxes_* | sed 's/fluxes_[0-9]*_\([0-9]*_[0-9]*\)/\1/' | sort | uniq находит все уникальные широты (x_y) парами числа, мы затем ступаем через них с a for цикл и cat содержание файлов в той широте (все годы) и выводы их к fluxes_TOT_x_y.

Я использовал бы sort -u fluxes_*_lat_long> fluxes_lat_long', это - безусловно простое решение.

Править: используйте в сценарии

for file in $(ls -1 fluxes_20*_*_*) ; do
    export ll="$(echo $file |cut -d _ -f 3,4)"  # extract lat & long
    echo "sort -u fluxes_*_$ll"  "> fluxes_$ll" # create sort instruction
done | uniq | sh

Если я понял Ваши требования, Вы хотите объединить все данные потока для одной точки в fluxes_lat_long с форматом

01 01 Fluxes total_fluxes_for_Jan_1_over_30_years
01 02 Fluxes total_fluxes_for_Jan_2_over_30_years
...

Если это так, вот сценарий Perl, который должен помочь:

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

my @files = glob 'fluxes_*_*_*';
my %points;
$files[$_] =~ /_([0-9]+_[0-9]+)\Z/ and $points{$1}++ for (0..$#files);

for my $point (sort keys %points){
    my @point_files = grep { /_$point\Z/ } @files;
    my %days;
    for my $file (@point_files){
        open my $f,'<',$file or die "Failed to open file $file : $!\n";
        <$f>; #Discard the header
        while(<$f>){
            my ($year,$month,$day,$number) = split;
            $days{"$month $day"}+=$number;
         }
         close $f;
     }

     open my $of,'>',"fluxes_$point";
     for (sort by_date keys %days){
         print $of "$_ Fluxes $days{$_}\n";
     }
 }

 sub by_date{
    my ($month_a,$day_a) = split /\s*/,$a;
    my ($month_b,$day_b) = split /\s*/,$b;
    my $month_sort = $month_a <=> $month_b;
    my $day_sort = $day_a <=> $day_b;
    return $month_sort ? $month_sort : $day_sort
}

Если Вы хотите конкатенировать, можно сделать это легко:

cat fluxes_2001_50_70 >> fluxes_2000_50_70

Но Вы делаете это, когда Ваши файлы не увеличивают свой volumne.

Однако Ваш вопрос находится позади набора другого вопроса, такого как:

"второй файл должен быть обновлением после слияния?"

tail -qn +2 удалит заголовки и начнет со второй строки для каждого файла, fluxes_* будет шарик все файлы, который запускается с той строки, и > fluxes_2000_2030 передаст все данные по каналу к единственному выходному файлу:

tail -qn +2 fluxes_* > fluxes_2000_2030