Как самостоятельно отметили, что (64-разрядный) Apache загружает различные библиотеки при выполнении другого двоичного файла Python из командной строки. Зафиксируйте двоичные файлы/библиотеки для 64-разрядной установки Python2.6. Это должно, надо надеяться, уйти.
XFCE не зависит от Thunar, можно заменить его чем-либо, что Вы хотите.
Для изменения файлового менеджера по умолчанию переходят к Менеджеру конфигурации, нажимают на Preferred Aplications, и на вкладке Utilities Вы сможете выбрать наутилус или исправить Вашу собственную команду nautilus "%d"
Thunar очень интегрируется в XFCE, я не знаю, если удаление его даже возможно, и кажется, что это не может быть заменено для некоторого использования. Как Вы удаляли его? Восстановите его (возможно, путем переустановки безотносительно отчетов о диспетчере пакетов, как пропускать/повреждать).
Сообщение об ошибке указывает, что XFCE пыталась выполнить Thunar и не нашла его. Этот поток на XFCE указывает, что необходимо отредактировать ~/.config/xfce4/helpers.rc
, изменение "FileManager =" запись.
[BTW, попытайтесь изменить систему для выполнения на английском языке, заставляя сообщения показать здесь, если бы я не понял немного итальянский, то я был бы еще более потерян, чем Вы.]