сравните два файла получают идентичный список

Когда Вы используете, присоединяются, записи на каждой строке похожи на "ячейки" в дб, но они должны быть отсортированы, таким образом, можно попробовать,

sort file1.txt > file1_t.txt
sort file2.txt > file2_t.txt

И затем сделайте соединение

$ join file1_t.txt file2_t.txt

который даст Вам внешнее соединение, т.е. список всех случаев ячеек в обоих файлах. Для сокращения этого списка только до записей в обоих файлах передайте вывод по каналу вышеупомянутой команды в uniq

$ join file1_t.txt file2_t.txt | uniq

Вы должны sort перед Вами join.

$ cat a.in
TERYUFV00000010753
TERYUFV00000009526
$ cat b.in
TERYUFV00000009526 refids_739_known_8/10_target
TERYUFV00000018907 refids_12023_known_21/22_target
TERYUFV00000010753 refids_11775_known_1/1_target
$ join a.in b.in
$ join <(sort a.in) <(sort b.in)
TERYUFV00000009526 refids_739_known_8/10_target
TERYUFV00000010753 refids_11775_known_1/1_target

Предположение, что файлы отсортированы:

comm -12 file1 file2

Следующая строка работает?

grep -iw -f file1.txt file2.txt

Если бы файлы были загружены на сервер от клиента Windows, то возможно, необходимо выполнить dos2unix сначала.

dos2unix file1.txt file2.txt

Если вышеупомянутые команды не работают, можно попробовать следующие строки, чтобы видеть, существуют ли дополнительные непечатаемые символы вначале или конец строк в file1.txt. Дополнительные непечатаемые символы в объектах file1.txt могут привести к отказу grep из file2.txt.

cat -v file1.txt
sed -n -l file1.txt

Вы также можете решить эту задачу с помощью AWK:

NR == FNR {
    line[$1];
    next;
}
$1 in line {
    print $0;
}

В качестве подстрочника:

awk 'NR == FNR {line[$1]; next;} $1 in line' file1.txt file2.txt

Обязательно сохраните в памяти меньший файл, то есть поместите его в качестве первого аргумента подстрочника.