Как использовать регулярное выражение для сопоставления с шаблоном, в конце которого нет определенной строки

Как следует из комментариев, проблема, скорее всего, заключается в пробелах или возвратах каретки. Любой из следующих способов должен помочь:

$ (sort -n A B) | sed -E 's/[^[:alnum:]]+$//' | uniq -d
$ (sort -n A B) | tr -d '\r ' | uniq -d

Некоторые версии GNU sed используют -r для получения расширенных регулярных выражений. tr, конечно, проще, но и более жестоко, поскольку удаляет символы независимо от того, стоят они в конце строки или нет.