хвост: ошибка записи "стандартный вывод": Broken pipe
Если вы готовы использовать sed, вы можете сделать так:
sed -n '/^01\/14 08:00/,/^01\/14 08:10/p' foo
В общем, вы можете использовать переменные bash для замены конкретных времен в приведенной выше команде. Например:
st="01\/14 08:00"
en="01\/14 08:25"
sed -n "/^$st/,/^$en/p" foo #note the double quotes
Вам нужно экранировать символ / символом \, если вы используете / в качестве разделителя, как показано в приведенной выше команде.
1
Kusalananda
04.05.2019, 19:48
Ссылка
1 ответ
Ваш код
tail -c +${index[${contig}]} ${fasta} |
awk '$0~/>/{exit}1' |
awk -f ${pipeline}/utils/reverse-fasta.awk -
Если первый awkнаходит в строке заголовка Fasta (строку, начинающуюся с символа >), он завершает работу. Когда эта команда awkзавершается, больше никто не читает вывод команды tail, и tailуничтожается сигналом SIGPIPE.
Вероятно, это связано с проблемой с вашим массивом indexили, в любом случае, с некоторым несоответствием между файлом Fasta, из которого вы читаете, и местом в файле, в котором вы ожидаете найти данные последовательности.
0
Kusalananda
28.01.2020, 00:24
Ссылка