sed/awk file data manipulation

Вам нужно создать отдельную пару ключей ssh для каждой команды, которую вы хотите выполнить на удаленной стороне. Используйте этот ключ для резервного копирования каждого каталога. Примерно так:

command="rsync --server -vlogDtprze.iLsf . /mybackupfolder/Pictures" ssh-rsa AAAAB3Nz--etc
command="rsync --server -vlogDtprze.iLsf . /mybackupfolder/Documents" ssh-rsa BBAAA--etc 

На стороне резервного копирования вам нужно указать пару ssh-ключей для использования для ssh с помощью команды -i identity_file_for_each_command. Вероятно, самый простой способ сделать это - использовать сценарий-обертку вокруг ssh для каждого резервного копирования.