У меня есть дублирующиеся пакеты?
В действительности они не отличаются. Они удаляют файлы, не перемещая их в виртуальную корзину. Восстановление файлов могло бы быть возможным, завися используемая файловая система.
Скорее всего, данные останутся на диске, пока Вы не запишете что-то еще по ним, поэтому удостоверяетесь, что ничто сразу не записано на диске после понимания ошибки. Можно повторно смонтировать файловую систему, только для чтения, или загрузиться с livecd/usb.
Если это - NTFS или файловая система FAT, у Вас есть хороший шанс восстановить их. Если это - ext3/4, то Вы, вероятно, потеряли их навсегда. Проверьте этот инструмент и также этот ответ.
У Вас нет дублирующихся пакетов.
Поскольку это говорит, что у Вас есть дублирующаяся запись в Вашем sources.list (расположенный в /etc/apt). Как Вы фиксируете, это может зависеть от диспетчера (диспетчеров) пакетов, который Вы используете. Если Вы хотите перейти прямо в sources.list, откройте Terminal и введите следующую команду.
gksudo gedit /etc/apt/sources.list
Ищите дубликат. Можно отключить записи путем помещения a # в начале строки или путем удаления дублирующихся строк.
http://www.duinsoft.nl/pkg debs/all
Отредактируйте Ваш /etc/apt/sources.list и удалите дублированные строки.
Посмотрите на /etc/apt/sources.list И /etc/apt/sources.list.d - последний используется, например, автоматические добавленные PPA.