chroot + mount = EBUSY
Это проблема с polkit.service ; это не начиналось для меня.
После дальнейшего расследования я обнаружил, что пользователя polkitd не существует. Затем yum переустановите polkit и systemctl start polkit устранили проблему.
Я отладил это, запустив polkitd напрямую: / usr / lib / polkit-1 / polkitd
Попробуйте этот простой способ:
сначала сделай:
awk 'FNR==1 { print substr(FILENAME,1,16) >substr(FILENAME,1,16)".tmp" }
FNR >1 { print $12 > substr(FILENAME,1,16)".tmp" }
NR==FNR{ print $6 >"first_column.tmp" }' TCGA-A*/t_data.ctab
затем pasteих вместе с файлом с разделителями-запятыми (удалите -d,, если вы хотите вместо этого использовать вкладку):
paste -d, *.tmp
t_name,TCGA-A2-A0T3-01A,TCGA-A7-A4SA-01A,TCGA-A7-A6VW-01A
MSTRG.1.1,0.000000,0.00000,0.0000
MSTRG.10.1,0.284182,0.28418,0.2841
MSTRG.11.1,0.077194,0.07719,0.0771
ENST00000456328.2,0.000000,0.00000,0.0000
MSTRG.10.3,0.000000,0.00000,0.0000
MSTRG.11.2,0.051214,0.05121,0.0512
ENST00000450305.2,0.000000,0.00000,0.0000
MSTRG.10.5,0.007904,0.00790,0.0079
MSTRG.10.6,0.000000,0.00000,0.0000
MSTRG.10.7,0.000000,0.00000,0.0000
MSTRG.11.3,0.137788,0.13778,0.1377
Удовлетворены ли вы выводом в формате csv?
find ballgown -name t_data.ctab | awk ' {
F=$0
print F " started"
split(F,P,"/")
FN= P[2]
TF[FN]=1
getline < F
while ((getline < F) > 0) {
TN[$6]=1
TV[FN ":" $6] = $NF
}
close(F)
print f " done"
}
END {
printf("tname")
for (F in TF) {
printf(", %s",F)
}
print ""
for (N in TN) {
printf("%s",N)
for (F in TF) {
printf(", %s",TV[F ":" N])
}
print ""
}
}
'
Я бы разбил задачу на две операции, как описано в комментарии к вопросу. Это возможно, поскольку первый столбец одинаков для каждого файла, и каждый файл имеет одинаковое количество строк.
Позиционируйте себя в каталоге бальных платьев:
cd ballgown
В качестве первого шага создайте выходной файл, содержащий первый столбец:
cut -f6 TCGA-A7-A6VW-01A/t_data.ctab > out.tab
Основная часть работы выполняется комбинацией findиperl:
find -iname t_data.ctab -exec perl -i.bak -lane 'if($.==1){$ARGV=~/([-\w]+)\/.*$/;$f=$1} if(1..eof&&($n=$.)){$a[$.]=$F[11];$a[1]=$f;next}; print "$_\t$a[$.-$n]"' {} out.tab \;
Примечание.:Это разрушительное действие;исходные файлы будут сохранены с добавленным расширением .bak.
Неразрушающая -версия, использующая также sponge(, findзаменена forциклом):
for F in */t_data.ctab; do perl -lane 'if(1..eof&&($n=$.)){$a[$.]=$F[11];$a[1]=$ARGV=~s/([-\w]+)\/.*$/$1/r;next} print "$_\t$a[$.-$n]"' $F out.tab | sponge out.tab; done;
Полностью программное решение на PHP .
<?php
$filenames = glob('*/t_data.ctab');
foreach($filenames as $k=>$filename) {
$name = pathinfo($filename)['dirname']. "\n";
$file = file($filename);
foreach ($file as $n => $line) {
$line = explode("\t", $line);
if ($n === 0) {
$line[11] = $name;
}
if ($k === 0) {
$out[$n] = $line[5]. "\t". $line[11];
} else {
$out[$n] = trim($out[$n]). "\t". $line[11];
}
}
}
file_put_contents('out.tab', $out);
Использование:
- Переместитесь в каталог
ballgown - Сохраните файл с именем, скажем,
script.php - Запустите скрипт с помощью
php script.php - Вы найдете результат в файле
out.tab
Примечание:
Дайте мне знать, если вам нужны дополнительные пояснения относительно того, как установить и использовать PHP, что делает скрипт и как его настроить для конкретных нужд.
Вот такое же решение в Python , так как этот язык упоминался в комментариях. Это первый раз, когда я пишу что-либо на Python, поэтому, пожалуйста, выдвигайте предложения по улучшению.
import os, glob
out = []
for k, filename in enumerate(glob.glob('*/t_data.ctab')):
with open(filename, 'r') as f:
file = f.readlines()
for n, line in enumerate(file):
line = line.split("\t")
if n == 0:
line[11] = os.path.dirname(filename) + "\n"
if k == 0:
out.append(line[5] + "\t" + line[11])
else:
out[n] = out[n].strip() + "\t" + line[11]
outfile = open('out.tab', 'w')
outfile.write("".join(out))
Тот же подход, написанный как Perl один -лайнер:
perl -lane '$a[$n].=($a[$n]?"":$F[5])."\t".($n<1?$ARGV=~s#([-\w]+)\/.*$#$1#r:$F[11]); $n=eof?0:$n+1}{print "$_" for @a' */t_data.ctab