Если я открою Konsole, он открывает без остановки Windows of Konsole

Sugar пытается запустить xdg-user-dirs-update:

File "/usr/libexec/sugar-runner/xinitrc", line 77, in _setup_xdg_user_dirs
  subprocess.check_call("xdg-user-dirs-update")

которого у вас нет. Установите пакет xdg-user-dirs, который включает его.

/редактирование: Для вашего нового сообщения об ошибке вам придется подождать, пока ребята из Sugar исправят это, у них уже есть открытый pull request для этого.